Oddělení interního auditu vykonává činnost zejména podle zákona o finanční kontrole (č. 320/2001 Sb.). Je přímo podřízené starostce, což zajišťuje jeho nezávislost na jiných odborech úřadu. Oddělení přezkoumává a vyhodnocuje všechny operace, které na úřadě probíhají, a rovněž prověřuje vnitřní kontrolní systém radnice. Zjišťuje přitom, zda: