Oddělení interního auditu vykonává činnost zejména podle zákona o finanční kontrole (č. 320/2001 Sb.). Je přímo podřízené starostce, což zajišťuje jeho nezávislost na jiných odborech úřadu. Oddělení přezkoumává a vyhodnocuje všechny operace, které na úřadě probíhají, a rovněž prověřuje vnitřní kontrolní systém radnice. Zjišťuje přitom, zda:

• jsou na úřadě dodržovány právní předpisy, přijatá opatření a stanovené postupy
• jsou včas rozpoznávána rizika vztahující se k činnosti městské části a zda jsou přijímána odpovídající opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění
• řídící kontroly poskytují starostce spolehlivé a včasné informace o provozu, financích apod.
• jsou plněna provozní a finanční kritéria dle zákona o finanční kontrole
• je vnitřní kontrolní systém dostatečně účinný a včas reaguje na změny ekonomických, právních, provozních a jiných podmínek